Wenn das Vorhofflattern langfristig verhindert werden soll, wird meist innerhalb einiger Wochen nach der Kardioversion etwas Herzgewebe verödet. Die Ärztin oder der Arzt führt dazu über einen Schnitt in der Leiste einen Katheter in eine Vene ein. Über diesen dünnen Schlauch schiebt sie oder er spezielle Instrumente bis zum Herzen vor. Dort wird das Gewebe mittels Strom erhitzt und dadurch verödet; selten wird Kälte zum Veröden genutzt. Fachleute bezeichnen den Eingriff als Katheterablation.
Meist reichen dazu eine örtliche Betäubung der Leiste und eine kurze, leichte Narkose aus, während der das Gewebe verödet wird. Nach dem Eingriff bleibt man meist für eine Nacht im Krankenhaus. Mögliche Risiken sind Blutungen, ein Schlaganfall, Herzrhythmusstörungen oder Verletzungen des Herz- oder anderen Gewebes. Insgesamt kommt es bei etwa 20 von 1000 behandelten Personen zu schweren Komplikationen; 2 von 1000 sterben im Zusammenhang mit dem Eingriff.
Beim typischen Vorhofflattern wird in der Regel genau die Stelle verödet, die zwischen der unteren Hohlvene (Vena cava inferior) und der Herzklappe liegt, die den rechten Vorhof und die rechte Kammer verbindet (Trikuspidalklappe). Fachleute bezeichnen dieses schmale Gewebestück als cavotrikuspidalen Isthmus, kurz CTI. Beim typischen Vorhofflattern wandert der Erregungsimpuls immer wieder durch diese Stelle. Ist der Bereich durch die Verödung vernarbt, ist das nicht mehr möglich.
Bei etwa 90 Prozent der Menschen mit typischem Vorhofflattern kann die CTI-Katheterablation ein erneutes Auftreten wirksam verhindern. Trotzdem kann es später zu Vorhofflimmern kommen – also der anderen, häufigeren Herzrhythmusstörung mit Ursprung im Herzvorhof.
Es gibt auch Formen von Vorhofflattern, bei denen die Engstelle zwischen Hohlvene und Herzklappe keine Rolle spielt. Man spricht dann von untypischem Vorhofflattern. Eine Katheterablation kann dabei ebenfalls helfen – auch wenn sie seltener erfolgreich ist als bei typischem Vorhofflattern. Für diese Behandlung muss man in der Regel in ein spezialisiertes Herzzentrum. Vor und während des Eingriffs wird dort geprüft, wo die störenden Impulse ihren Ursprung haben und welche Stellen in den Vorhöfen verödet werden müssen.