Bei einer Beatmung kann es zu einer sogenannten Aspiration kommen – das bedeutet, dass Mageninhalt über die Speiseröhre in den Mund-Rachenraum zurückfließt und von dort in die Luftröhre gelangt. Das Risiko für eine Aspiration ist gering, wenn mithilfe eines Tubus beatmet wird. Er ist an dem Ende, das in die Luftröhre reicht, von einer aufblasbaren Kunststoffmanschette umschlossen. Diese Manschette dichtet den Rest der Luftröhre ab. So kann kein Mageninhalt am Tubus vorbei in die Luftröhre fließen. Das Einsetzen eines Tubus kann aber auch zu Komplikationen führen. Beim Intubieren muss zum Beispiel darauf geachtet werden, dass der Tubus auch richtig in der Luftröhre liegt. Wird der Tubus über einen Hautschnitt eingeführt, kann es zu Blutungen, Verletzungen oder Wundinfektionen kommen.
Vor allem wenn Luft mit erhöhtem Druck in die Lunge gepumpt wird, kann das Lungengewebe geschädigt werden. Fachleute nennen das „Barotrauma“. Dadurch können zum Beispiel die feinen Lungenbläschen ( Alveolen) überdehnt werden oder einreißen, so dass Luft in die Brusthöhle entweicht (Pneumothorax). Das kann den Gasaustausch in der Lunge weiter erschweren. Um ein Barotrauma zu vermeiden, wird darauf geachtet, dass der Druck in den Atemwegen oder die Menge an Luft, die in die Lunge gedrückt wird, einen festgesetzten Grenzwert nicht überschreiten. Eine andere Möglichkeit ist, auf hohen Druck und große Luftmengen ganz zu verzichten und dafür mehr Atemzüge pro Minute ablaufen zu lassen.
Ist eine invasive Beatmungstherapie über einen längeren Zeitraum nötig, steigt das Risiko für Infektionen mit speziellen, oft schwer behandelbaren Erregern. Sie können zum Beispiel zu einer Lungenentzündung führen oder dazu, dass sich ein künstlicher Zugang zur Luftröhre entzündet. Um solche Infektionen zu vermeiden, gelten auf Intensivstationen besondere Hygienevorschriften.
Wenn längere Zeit mit einem Beatmungsgerät beatmet wurde, kann der Körper manchmal mehrere Tage brauchen, bis er wieder ohne das Gerät auskommt. Dies kann selbst dann der Fall sein, wenn die Ursache – etwa eine Lungenentzündung – schon abgeklungen ist. Die Phase der Beatmungsentwöhnung wird Weaning genannt. Die Beatmungsgeräte werden dann so eingestellt, dass die beatmete Person schrittweise an das selbstständige Atmen gewöhnt wird. Dabei wird auch gemessen, ob diese „Spontanatmung“ ausreicht, um den Körper mit Sauerstoff zu versorgen, oder ob noch weiter beatmet werden muss. Auch wenn manchmal mehrere Versuche nötig sind, bis das eigene Atmen wieder gut funktioniert, gelingt dies meist.