Für die TURP ist nachgewiesen, dass sie Prostatabeschwerden dauerhaft lindern kann. Etwa 75 von 100 Männern, die sich einer TURP unterziehen, haben neun Monate nach dem Eingriff nur noch leichte Prostatabeschwerden und müssen beispielsweise nach der Operation nachts nur noch einmal oder gar nicht mehr zur Toilette. Den restlichen Männern kann der Eingriff meist auch helfen, aber in etwas geringerem Ausmaß. Nebenwirkungen sind allerdings häufig.
Die häufigste Nebenwirkung der TURP ist der „trockene Samenerguss“ (Fachbegriff: retrograde Ejakulation): Die Samenflüssigkeit wird während des Ergusses in die Harnblase abgegeben und gelangt nicht oder kaum nach außen. Dazu kann es kommen, wenn während des Eingriffs Muskeln verletzt werden, die beim Samenerguss normalerweise den Blasenausgang verschließen. Ein trockener Samenerguss tritt bei ungefähr 65 von 100 Männern nach einer TURP auf. Er ist zwar nicht gesundheitsschädlich und mindert in der Regel auch nicht das Gefühl beim Orgasmus, setzt aber die Fruchtbarkeit herab.
Manche Männer befürchten, dass sie nach einem Eingriff Erektionsstörungen bekommen. Dieses Risiko lässt sich zwar nicht ganz ausschließen, allerdings zeigen Forschungsergebnisse, dass dauerhafte belastende Erektionsstörungen selten sind. Da die störenden Beschwerden wie häufiger Harndrang verschwinden, sind manche Männer nach dem Eingriff auch zufriedener mit ihrer Sexualität.
Andere mögliche Folgen der TURP sind Harnwegsinfektionen und eine zeitweise Blasenschwäche ( Inkontinenz). Wie bei den meisten Operationen besteht außerdem das Risiko einer behandlungsbedürftigen Blutung. Selten kommt es nach einer Operation zu einer Verengung der Harnröhre. Langfristige Folgen wie dauerhafte Inkontinenz sind selten.
Eine TURP kann auch ein „TUR-Syndrom“ mit vorübergehender Übelkeit, Erbrechen oder Verwirrtheit auslösen. Diese Komplikation ist selten, kann jedoch lebensbedrohlich sein. Sie tritt auf, wenn ein Teil der Flüssigkeit, mit der das entfernte Prostatagewebe weggespült wird, in den Blutkreislauf gelangt. In seltenen Fällen kann ein TUR-Syndrom zu Herz-Kreislauf-Problemen führen. In Studien trat bei 2 bis 3 von 100 Männern ein TUR-Syndrom auf, allerdings ohne ernsthafte Folgen.