Solange keine oder nur leichte Beschwerden bestehen, kann man in der Regel einfach abwarten, da sich die meisten Zysten von allein zurückbilden. Je nach Befund kann es sinnvoll sein, die Zysten regelmäßig im Abstand von einem bis mehreren Monaten ärztlich kontrollieren zu lassen. Bei Schmerzen können vorübergehend Schmerzmittel wie Ibuprofen oder andere nicht steroidale Antirheumatika ( NSAR) helfen.
Wenn sich die Zysten verändern oder nicht zurückbilden und die Beschwerden anhalten, ist eine Bauchspiegelung (Laparoskopie) möglich. Dabei lassen sich die Zysten genauer untersuchen und wenn nötig auch gleich entfernen. Nach einer Entfernung können sich jedoch erneut Zysten bilden.
Nur selten schlagen Ärztinnen und Ärzte vor, einen oder sogar beide Eierstöcke zu entfernen. Der Grund kann sein, dass ein Krebsverdacht besteht oder zu erwarten ist, dass sich die Zysten nicht aus dem Gewebe lösen lassen. Besonders bei Frauen, die noch Kinder haben möchten, wird wenn möglich versucht, einen Eierstock zu erhalten. Eine Entfernung beider Eierstöcke ist vor allem für jüngere Frauen sehr belastend, da sie unmittelbar nach dem Eingriff in die Wechseljahre kommen. Der abrupte Hormonabfall kann zu Beschwerden wie Hitzewallungen, Schwindel, Kopfschmerzen oder Übelkeit führen.
Manche Ärztinnen und Ärzte empfehlen, Eierstockzysten mit der Antibabypille zu behandeln. Bei funktionellen Zysten sind sie jedoch unwirksam. Die Pille hemmt zwar die Bildung von Hormonen in den Eierstöcken und verhindert so den Eisprung. Die Vermutung, dass Zysten dann schneller verschwinden, hat sich in Studien aber nicht bestätigt.